書いていても発音しない日本語 小さい「っ」

最近3歳の息子が、文字に興味をもっています。
絵本を読んであげると、自分の人差し指で文字を追いながら、一文字ずつ真似て声に出してみるようになりました。
自分が覚え始めた「ひらがなの形」と「音」が、何となく分かるのが楽しそうな様子です。
そんな彼がある日、人差し指でひらがなを追いかけるのを楽しんでいると、途中で自分の指が追いかけている文字と音がズレているのに気付き
「あれーーーー?!」
と、ニコニコしながら、彼なりに何だか変なことが起きていることを伝えてきました。
ひらがなの小さい「っ」が入っている文でした。
何度やってみても、やっぱり同じところでズレてしまいます。
「あれーーーーーーー?!」
と、ズレてもニコニコ楽しそう。
★日本語にも、書いていてもひらがな通りに発音しない場合がある
例:「はっぱ」「ねっこ」「きって」 つまる音「促音」(小学1年生「国語」)
日本語ネイティブは、このくらいの時期に気付き始めるんだなぁ、としみじみ。
きっと、自分も幼い頃にそんな時があったのでしょう。
彼は今、じっくりと日本語を習得している最中です。